Cariera lui la catedră s-a încheiat în anul 2003, când a fost numit noul director al Direcției Județene a Arhivelor Constanța, prin reorganizarea Arhivelor Naționale ale României În anul 2005, Virgil Coman obținea titlul de doctor în istorie, după ce a terminat cursurile Facultății de Istorie a Universității „Alexandru Ioan Cuza” din Iași. Teza sa de doctorat a fost denumită „Din istoria românilor sud-dunăreni în prima jumătate a secolului al XX-lea. Meglenoromânii.” Această lucrare a fost